Medzi Kubenkove prvé skúsenosti s filmom patrila spoluréžia krátkej animovanej agitky proti čiernemu obchodu s názvom Hurrá na nich (autorom animácie, námetu, scenára a spolurežisérom bol Viktor Kubal), ako aj práca asistenta réžie na hraných filmoch Varuj…! (r. Martin Frič), Vlčie diery (r. Paľo Bielik), Priehrada (r. Paľo Bielik) a Katka (r. Ján Kadár). V poslednom menovanom si aj zahral postavu röntgenológa, hlas mu však prepožičal režisér a herec Martin Ťapák.

Jeho jediným krátkometrážnym hraným filmom bol v roku 1956 Mišo sebepán – doktrínam socialistického realizmu poplatný príbeh gazdu Miša. Väčšinu kariéry však pôsobil v dokumentárnom filme, predovšetkým krátkometrážnom. Do jeho filmografie patrí takmer stovka reportážnych, cestopisných filmov, ako aj filmy o umení, najmä výtvarnom – napríklad Insitné umenie, krátkometrážny film z I. trienále insitného umenia v Bratislave v roku 1966, v rokoch 1967 – 1989 reportáže Bienále ilustrácií Bratislava, filmový portrét insitnej maliarky Anny Ličkovej Návraty za šťastím či filmy o tvorbe maliarov Cypriána Majerníka, Jana Hálu, Jozefa Kostku, sochára Vladimíra Kompánka, ale aj básnika Rudolfa Fabryho, spisovateľa Vladimíra Mináča. „Pre Kubenkove filmy je príznačné abstrahovanie základných symbolických významov výtvarníkovho diela a pohyb v rámci hodnôt romantizmu,“ píše Jelena Paštéková v Dejinách slovenskej kinematografie.

V jeho filmografii nájdeme aj trojicu filmov situovaných do Indie: Črty z Indie, dokumentárnu reportáž z pobytu bratislavskej pantomímy v Indii, Karla o tamojších budhistických chrámoch a Moderní indickí maliari o štyroch predstaviteľoch indického maliarstva. Vďaka nadviazaniu diplomatických stykov s Kambodžským kráľovstvom vznikli v Kubenkovej réžii štyri filmy o historických pamiatkach a ľudovom umení kmérskej kultúry: Angkorvat ako jeden z prvých slovenských anamorfotických filmov, Bajon, Deň v Phnom Penhe o hlavnom meste Kambodže acestopis Úsmevy Angkoru. V publikácii Rodinné filmové striebro o nich Martin Kaňuch píše: „Kubenkove filmy z Kambodže spája leitmotív prerastania prírody a činnosti človeka. Inšpiráciu hľadal u Flahertyho, podľa Urca si pred cestou viackrát nechal premietnuť jeho filmy. Priťahovalo ho flahertyovské rozkrývanie spätosti človeka a prostredia, v ktorom žije. S veľkým rešpektom, nielen preto, že bol z filmovej ,zelenej lúky‘, pristupoval k zachyteniu odkazu dávnej civilizácie. Rozhodne sa vyhol lacnej efektnosti obrazov. Mal šťastie na už z Vietnamu pripraveného kameramana Jána Cifru.“ Navyše podľa Kaňucha „vysoko presiahli očakávané cestopisno-propagačné a internacionálne družobné spracovanie“.

Spolu so scenáristom a režisérom Miroslavom Horňákom pracovali na scenári k filmu na motívy knihy generála Ludvíka Slobodu Z Buzuluku do Prahy a výsledkom bol celovečerný dokumentárny film Stretnutie k oslavám 20. výročia oslobodenia ČSR v roku 1965. Podľa Rudolfa Urca, ktorý spomienky a reflexiu tvorby Vlada Kubenku, ako aj iných dokumentaristov spracoval v knihách Traja veteráni za kamerou a Neviditeľné dejiny dokumentaristov, je Kubenkovým najvýznamnejším dielom Hr. Peklo. Krátkometrážny portrét hradlára vyprevádzajúceho vlaky uprostred samoty Kremnických vrchov kladie dôraz na výtvarnosť obrazov, rituálnosť vyprevádzania stajomňuje vycizelované záberovanie a v závere aj snehová víchrica, ktorá pred vstupom do železničného tunela vytvorí nadrealisticky pôsobiaci portál. Pri tomto filme – a aj mnohých iných – boli jeho spolupracovníkmi kameraman Alexander Strelinger a skladateľ Roman Berger. „V jeho koncepcii non-fiction niet miesta pre reportážnosť, aktualitu, väčšmi uprednostňoval rekonštrukciu, starostlivú prácu s tvarom, príklon k vízii dokumentarizmu v duchu jeho zakladateľov z tridsiatych rokov,“ charakterizuje Kubenkovu tvorbu Václav Macek v Dejinách slovenskej kinematografie.

Kubenko bol zároveň spoluautorom filmu Čas, ktorý žijeme, dokumentujúcom obrodný proces v Československu v roku 1968. O rok neskôr sa podieľal na vzniku filmu Tryzna, ktorý reflektoval spoločensko-politickú situáciu po smrti Jána Palacha, smútočné pochody a protestné akcie odohrávajúce sa v Prahe a Bratislave na podporu jeho odkazu.

V sedemdesiatych rokoch sa po dlhom čase podieľal na réžii ďalších dvoch animovaných filmov – Povesť o láske a Barančeky. K 30. výročiu SNP vytvoril snímky Kalište a Kde vtáci nelietajú. Jeho posledným filmom je dokumentárna reportáž Prečerpávacia vodná elektráreň Ipeľ.  

Vlado Kubenko zomrel 26. 5. 1993 v Bratislave.